Desde que acudió a clase de Fisiología del Deporte cuando estaba en la carrera, se enamoró de esa relación entre salud y deporte. Desde entonces Jonatan Ruiz no ha dejado de investigar en ese terreno. Recientemente ha recibido el premio Joven Investigador de la Fundación AstraZeneca, una organización sin ánimo de lucro de apoyo a médicos e investigadores, tras competir con otras 71 candidaturas de 10 comunidades autónomas diferentes. Desde la Facultad de Ciencias del Deporte de la Universidad de Granada investiga el efecto del ejercicio sobre la activación de algunos tejidos y la regulación de niveles de glucosa para prevenir enfermedades como la diabetes. Entre sus estancias internacionales destaca la que tuvo en Suecia en el Instituto Karolinska.