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Después de estudiar Ingeniería Química en la Universidad de Granada, la pasión por la investigación le llegó en el Departamento de Mineralogía y Petrología de dicha universidad. Ahí sigue trabajando como investigadora Ramón y Cajal. Encarnación Ruiz Agudo se ha convertido en la primera española en recibir la Medalla a la Excelencia en Investigación que otorga anualmente la Unión Europea de Mineralogía.